Come fare se disdetta di affitto torna indietro?

La raccomandata si considera efficace, e dunque, ricevuta dal primo giorno di giacenza presso l'ufficio postale di destinazione. Se tale data è anteriore di 6 mesi alla scadenza contrattuale, allora la tua comunicazione è perfettamente efficace.
Quanto alle chiavi (immagino tu debba avere indietro anche il deposito cauzionale), io invierei un'ulteriore raccomandata con un invito a contattarti per la restituzione e la regolarizzazione delle pendenze relative all chiusura del contratto.
Ma tu, comunque, non hai un recapito telefonico del proprietario? E a chi hai pagato il canone in questi mesi?

il proprietario lo abbiamo cercato ripetutamente e non abbiamo mai ricevuto risposta..l'ultima volta che l'abbiamo visto è stato ad aprile dove a causa di gravi infiltrazioni presenti dal 2009 gli è stato detto di sistemarle o avremo smesso di pagare gli affitti...bene ha fatto un sopralluogo entrando senza nemmeno chiedere il permesso...ed è sparito...noi dopo aver buttato via un intera camera da letto coi muri ricoperti di infiltrazioni e muffa e non aver mai avuto riscontro dal proprietario per smuovere la situazione abbiam smesso di pagare affitto (sotto consiglio anche dei vigili) e mandato disdetta..ma in 6 mesi non si è mai visto ne sentito...ora che dobbiamo lasciare l'appartamento mi chiedo come inviare le chiavi..pensavo di fare una busta e mettergliela nella buchetta con un nostro recapito telefonico e le foto dell'appartamento in che condizioni è (la muffa ricopre 4 lati della camera da letto più soffitto mi han detto che può causare anche danni ai polmoni) e dei mobili che abbiamo dovuto buttare via dopo un solo anno dall'acquisto

Devi sentire urgentemente un avvocato, anche per avere un quadro esatto di quello che ti spetta in termini monetari per eventuali danni non coperti da un'eventuale assicurazione.

La situazione descritta presenta delle anomalie:
1) da quanto tempo non paghi il canone?
2) hai quantificato i danni subiti?
3) se i locali erano insalubri perchè hai continuato ad abitare per quasi 2 anni vista l'inerzia del proprietario?
Dopo aver risposto a questi quesiti dovrai cercare di cautelarti formalizzando e motivamdo la presunta compensazione. Per quanto concerne la restituzione delle chiavi o le porti di persona presso la residenza del proprietario o le invii a mezzo corriere.

Anche i Vigili si mettono a dare consigli sulle locazioni.... ahimé !!!
La decisione unilaterale di non pagare il canone di locazione, suggerita dai Vigili, non ha fatto altro che metterti legalmente in mora come inquilino, quindi, anche se ora tu potessi accampare un qualche diritto al risarcimento dei danni da infiltrazioni, ti saresti messo dalla parte del torto come conduttore del rapporto di locazione e credo che un'azione legale da parte tua avrebbe esito incerto.
Avresti dovuto, a fronte delle infiltrazioni la cui eliminazione spettava al locatore trattandosi di interventi di manutenzione straordinaria, inviargli urgentemente una raccomandata che gli intimava di provvedere entro 15 giorni all'eliminazione del guasto dopodiché, in caso di inadempienza, vi avresti provveduto tu stesso addebbitandogli i costi e rivalendoti, in caso di mancato rimborso, sul canone di locazione.
Non avrebbe avuto importanza se il locatore non avesse ritirato la raccomandata, tu avresti agito correttamente.
Così avresti evitato di danneggiare il contenuto dell'appartamento e avresti avuto diritto certo ad un rimborso nonché a rivalerti, in caso di suo inadempimento, sui canoni.
Ora invece, qualora i tuoi danni superino il valore dei canoni non pagati e dell'eventuale cauzione in possesso del locatore, devi valutare attentamente con un legale se ti conviene intentare una causa all proprietario.
Infatti, qualora egli riscontrasse dei danni nell'appartamento e non vi fosse la prova scritta che tu l'avevi avvisato tempestivamente delle infiltrazioni, potrebbe richiederti tramite un'azione legale sia i canoni non corrisposti che il rimborso dei danni causati dalle infiltrazioni nell'appartamento, con buona possibilità di successo.
Ti consiglio pertanto di invitarlo alla restituzione delle chiavi con un'ulteriore raccomandata e, nel caso non si presenti, a restituirgliele con lo stesso mezzo in modo da documentare la tua azione nei modi e termini di legge.

per quanto rigurda i danni subiti e per un avere o dare bisogna avere con certezza i danni subiti e le mensilità non pagate e fare una compensazione. per le chiavi in assenza di un recapito certo devi consegnarle alla polizia locale del comune di residenza

credo che la prova esista.ti bastano i vigili.inoltre non e' detto che io debba ripararlo(primo potrei non avere i soldi-secondo se il lavoro da fare dovesse avere bisogno di licenze comunali-tre se dovessi toccare muri confinanti a chi spetta chiedere l'autorizzazione)non sappiamo per quale motivo ci sia questa umidita'.pertanto credo che abbia agito regolarmente.ma mi meraviglio invecie di una cosa che i vigili non abbiano fatto intervenire la asl,per dichirare inagibile la casa.a volte i proprietari agiscono cosi in modo che sia l'inquilino ad andarsene da solo.