Ho pagato l'imposta sostitutiva ma c'è chi dice che non dovevo pagarla

Per terreni agricoli si intende sia quelli agricoli che quelli che non possono essere definiti edificabili, in quanto gli strumenti di pianificazione urbanistica, che li renderebbe edificabili, non sono stati ancora approvati. La cessione di terreni agricoli può generare plusvalenza ( e pertanto tassazione) esclusivamente quando la stessa avviene entro cinque anni dall'acquisto (con l'esclusione dei terreni ricevuti per successione o donazione in quanto è assente l'intento speculativo), oppure quando, a prescindere da ogni limite temporale, al momento della vendita il terreno è divenuto suscettibile di utilizzazione edificatoria (art. 67, comma 1, lett.b DPR 917/1986)

probabilmente prima di vendere è stata fatta la rivalutazione pagando l'imposta sostitutiva del 4% per innalzare il valore di acquisto e ridurre o annullare il valore della plusvalenza.
Se cosi' fosse il suo commercialista si è comportato in manier perfetta facendole risparmiare molte imposte

Anche secondo me il tuo commercialista ti ha dato un buon consiglio: quando in futuro vorrai vendere il terreno divenuto edificabile, risparmierai davvero molti soldi. Ciao, buona giornata