Non mi risulta che il D.M. 16/01/2017 limiti la possibilità di stipulare un contratto concordato solo con conduttori persone fisiche. Neppure l'art. 2, c. 3 l. 431/1998 prevede quella limitazione.
La legge si riferisce genericamente alla locazione di immobili adibiti ad uso abitativo.
Però il caso da te citato: contratti per esigenze abitative di studenti universitari (art. 5, c. 2 e 3 l. 431/1998); è un po' particolare.
Perché lo schema di contratto da utilizzare è quello di cui all'allegato C del D.M. 16/01/2017 che come conduttore prevede persone fisiche oppure "Aziende per il diritto allo studio".
A Torino, ad esempio, contratti di quel tipo per appartamenti ad uso abitativo degli universitari vengono stipulati tra proprietari privati e Edisu Piemonte, che è l'Ente regionale per il diritto allo studio.
Infatti l'Accordo Territoriale è stato siglato, oltre che dalle Organizzazioni sindacali dei proprietari e degli inquilini, anche da Edisu
Per essere certa di cosa puoi fare dovresti leggere attentamente l'Accordo Territoriale del Comune dove è situato l'immobile.