Allora, ho fatto altre "prove":
1 - ho messo il codice utilizzo "1" all'abitazione principale e, allora, il sistema mi "prende" il box pertinenziale con codice 5 e giorni 365. Quando rimetto il codice 11 (cioè quello corretto!) mi ricompare l'errore e l'unico modo per eliminarlo è mettere il codice "9" alla pertinenza e, cioè, eliminare le pertinenze dell'abitazione principale.
2 - nel 730 la colonna "Immobili non locati" non c'è, ma alla voce "Reddito da fabbricati" non c'è alcun importo, perchè il reddito da locazione parziale è riportato nella voce "Cedolare secca". Quindi, con utilizzo 11 dell'abitazione principale e 9 per il box di pertinenza (senza barrare i "casi particolari IMU"), non risulta tassazione, perciò il box (su cui l'IMU non è stata pagata, perchè pertinenza casa di abitazione) non risulta imponibile IRPEF. La stessa cosa è avvenuta l'anno scorso, con codice 1 per casa e 5 per il box. In conclusione, ai fini dell'imponibile e delle tasse, mettere 5 o 9 per il box sembrerebbe non cambiare nulla e sarebbe solo un'inesattezza del software dell'Agenzia delle Entrate, quindi un baco, come dicevo nel titolo (è evidente che il codice 11 probabilmente non riconosce la casa anche come abitazione principale, oltre che come locata, e la considera come giorni di utilizzo "0" ai fini dell'abitazione principale e da qui dovrebbe nascere l'errore, per cui i giorni di possesso del box pertinenziale sarebbero 365 in più di quelli dell'abitazione principale, che il sistema considera "0").
Almeno questa è l'idea che mi sono fatta. Se l'Agenzia delle Entrate mi desse una spiegazione diversa, vi aggiornerò.