In condizioni di "normale rapporto di coniugio" (cioè, se i tuoi genitori non fossero stati separati) e se quell'immobile fosse la casa adibita a residenza familiare, la situazione sarebbe del tutto chiara. A tua madre spetta il diritto di abitazione su quella casa. Pertanto lei sarebbe l'unico soggetto che avrebbe l'obbligo di pagare l'IMU (come se fosse possessore al 100%). E quindi gli altri eredi non dovrebbero pagare nulla.
Altrettanto chiara sarebbe la situazione se la separazione fosse stata consensuale, oppure giudiziale, ma senza addebito (nemmeno in parte) a tua madre e, inoltre, tua madre conviveva con i figli in quella casa. Anche in questo caso l'unico soggetto tenuto a pagare sarebbe tua madre. Come nel caso precedentemente esposto.
Se invece i tuoi genitori fossero stati separati giudizialmente, con addebito (totale o parziale) a carico di tua madre, il diritto di abitazione non le spetterebbe. Non esistendo un soggetto titolare di un diritto reale diverso dalla proprietà, tutti i coeredi comproprietari dovrebbero pagare l'IMU, ciascuno per la quota di sua competenza.