Fidati, si sa dove vanno se fai un rilievo del terreno, logicamente (ma credo tu lo sappia) il rilievo appoggiandosi a tre vertici trigonomentrici di coordinate note (che ti li da il catasto) e prendendo gli allineamenti con gli edifici del circondario, lo scopri dove vanno a finire i metri in più od in meno. Mi è capitato di vedere strade pubbliche "traslate" ossia fatte sul terreno di privati dove poi ci si doveva fare muri di recinzione (a loro volta distanti dal ciglio strada) oppure terreni lungo corso di torrenti che in seguito ad alluvioni o a piene avevano eroso parte del terreno. Non esiste terreno che poco o tanto abbia i confini completamente a posto e coincidenti con la situazione in mappa ( i 100mq dell'utente sono ancora pochi) ecco perchè si possono e si dovrebbero correggere.
Ovviamente dopo 20 anni che i confini sono consolidati non puoi pretendere magari che il tuo vicino demolisca il muro di confine (perchè magari tutto sul tuo terreno) però proprio perchè l'ha fatto in quel modo le distanze dei fabbricati le consideri in modo differente.
Il vicino che si opponesse a ciò comunque, in presenza di un rilievo topografico, dovrebbe dimostrare (con un 'altro rilievo fatto da un suo professionista) che la situazione è diversa.
Tuttavia alla fine per evitare tante discussioni si cerca sempre di mediare, ma tant'è quello scritto sopra rimane.