Secondo il mio parere non esiste nessun obbligo da parte tua ad unire le due u.i., come appartamento unico, ma anche se fosse così non so se a te convenga ai fini dell'IMU, in quanto una delle due verrà considerata 2° abitazione con pagamento maggiorato, invece rendendole uno stesso appartamento, magari con una scala interna eseguita a norma, potrai accatastare come unica abitazione e pagare molto meno.